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隱球菌病作為一種深部真菌病，主要侵犯中樞神經系統，約占隱球菌感染的80%，預后嚴重，死亡率高。隱球菌屬包括17種和8個變種，在真菌分類學上歸入半知菌亞門、芽孢菌綱、隱球酵母目、隱球酵母科。致病菌主要是新生隱球菌，已報道可引起人類疾病的還有淺黃隱球菌、淺白隱球菌和羅倫隱球菌等，但很少見。新生隱球菌有3個變種，即新生變種(var neoformans)、格特變種(var gattii)和上海變種(shanghaiensis)。按血清學分類可分為A、B、C、D及AD型5型，此外尚有少量不確定型。